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In base all'art. 4 comma 1 della legge istitutiva dell'Agenzia (legge regionale n.45 del 6/10/1998 "Istituzione dell'Agenzia regionale per la protezione ambientale del Lazio (A.R.P.A.)" e s.m.i.), sono organi dell'Agenzia il Direttore generale e il Collegio dei revisori dei conti. Il direttore generale è nominato (art.5 LR 45/1998) dal Consiglio regionale, su proposta della Giunta, tra persone in possesso dei seguenti requisiti:
La figura del Direttore generale è stata soppressa con l'art. 43 comma 1 della legge regionale n.4 del 28/4/2006 "Legge finanziaria regionale per l'esercizio 2006 (art. 11 l.r. 20/11/2001 n. 25)".
Lo stesso articolo, al comma 2, ha previsto la nomina con criterio fiduciario, da parte del Presidente della Regione, di un Commissario straordinario e due Subcommissari, che lo coadiuvano nell'esercizio delle funzioni già di competenza del Direttore generale.
L'attuale Commissario straordinario dell'Agenzia è l'avv. Corrado Carrubba, nominato con decreto del Presidente della Regione Lazio n. T0094 del 15 febbraio 2007, e successivamente riconfermato con decreto del Presidente della Regione Lazio n. T0365 del 3 novembre 2011.
Con medesimo decreto è stato altresì nominato il dott. Giovanni Maria Arena quale Sub commissario dell'Agenzia.